A ANEB, como orgão auxiliar da C.B.B, representa e coordena a educação secular promovida pelos batistas brasileiros por meio de suas instituições de ensino, algumas delas já centenárias como o Colégio Batista Taylor Egídio de Jaguaquara (BA) e o Colégio Batista Brasileiro na capital paulista.

Tem como finalidades principais promover Congressos, Seminários, Encontros, Palestras e outros eventos sempre com o objetivo de desenvolver e aprimorar o pessoal técnico, administrativo e docente dos Colégios associados.

Outra meta importante é incentivar as instituições batistas de ensino secular o aprimoramento de suas atividades, a produção de material didático adequado aos princípios cristãos genuínos e a busca constante de qualidade de ensino em consonância com a palavra de Deus.